垦区境内的宗教活动,奇台农场西街村、军户农场李家庄、土墩子农场3个清真寺建于清朝年间(后均毁于战乱),六运湖农场蘑菇场东、西两个清真寺和六运湖农场基督教活动点建于民国。党的十一届三中全会后,落实党的宗教政策,伊斯兰教活跃,教徒们先后集资捐款修建清真寺,进行宗教活动。

   伊斯兰教　垦区信仰伊斯兰教的民族有7个(回族、哈萨克族、维吾尔族、乌孜别克族、柯尔克孜族、东乡族、撒拉族),共16732人,占少数民族总人口的91.1%。主要分布在军户、六运湖、土墩子、一○七团场和北塔山牧场。

    伊斯兰教徒多由陕甘宁青等地迁来。伊斯兰教徒于10世纪传入喀什噶尔喀拉汗王朝。13世纪初从伊犁逐渐东传,后半期传入昌吉一带,15世纪末遍及全疆。清朝乾隆年间,陕、甘地区大量回民迁入。20世纪初,宁夏、甘肃一带屡遭灾害,迫使部分伊斯兰教民迁到六运湖、土墩子一带。

    基督教　1944年,河南省扶沟、尉氏等县遭水灾,部分难民到六运湖定居,把基督教带到住地,当时有50余人信基督教,在河南庄(现九队)建立活动点。1980年以后六运湖信基督教群众有300余人,全师1996年有信基督教群众1000余人。

    佛教　五六十年代佛教有过活动,影响不大。90年代初,随着改革开放,人员流动频繁,移民增加,芳草湖农场有汉族信佛教群众百余人。

    宗教活动场所1996年,根据国务院宗教事务管理局《宗教活动场所登记办法》,对全师宗教活动场所进行登记。同年11月,对20个符合登记标准的宗教活动场所,依法进行登记并颁发登记证。1997年11月,对20个宗教活动场所进行第一次年检并颁发年检合格通知书。1998年和1999年,继续对符合标准的宗教活动场所依法进行登记,至2000年,垦区有伊斯兰教清真寺25个,基督教堂1个。